Base - это что такое? Типа контейнер? Если да, то зачем там autoload и exception handler? Почему класс Application захардкоден?
Почему ты используешь такие низкоуровневые ф-ции типа mysql_query и такую припизденную обработку ошибок (or die(mysql_error()))?
Ёпте это все для примера я привел, что бы вы поняли суть, а не придирались к таким мелочам, именно такая реализация используется в Yii framework и где ты там увидел (or die(mysql_error()))? И что значит захардкоден?
А к мускулу подключаться лучше наверно так Base::app()->db(); это можно расширить для разных драйверов, например Base::app()->db('PDO');