
вариант 1.
таблица пользователей (users), таблица меток (favorites) и таблица М:М (users_favorites)

В этом случае всё хорошо с выборкой — легко найти метки указанного пользователя или пользователей с общими метками. Проблема: в favorites по-идее должны быть все метки уникальны, а вставка может производится "большими порциями", т.е. по многу меток сразу.
вариант 2.

в отдельную таблицу выносится поле (varchar или даже text), куда через запятую заносятся метки. Выборка в этом случае производится по LIKE, но никаких проблем со вставкой/изменением/удалением.