По описанию подходит extentImage, но она не работает. Кстати, чет подумал, может версия имаджика устарела. Может такое быть?
Пока только реализовал так
$image->chopImage($x, $y, 0, 0);
$image->setImageExtent($x2 - $x, $y2 - $y);
То есть сначала обрезаю до выделенной части, и потом вырезаю кусок нужного размера.
Для получения координат использую imgAreaSelect. Адворд нечто подобное делал, только я на ImageMagick хочу реализовать.