Я для себя вывел такие правила для автозагрузчика
array(
'JohnDoe' => '/path/to/johndoe.php', // конкретный класс, нужно скорее для отладки (мокап)
'Foo*' => '/vendor/Foo/', // узнаем по префиксу, ищем в папке
'/path1/', // [0] здесь всё, что не прокатывает по префиксу
'/path2/', // [1] просматриваем все
…
)